Das Pappenheimer Kloster der Augustiner-Eremiten wurde im Jahre 1372 von Heinrich VIII. zu Pappenheim und seiner Gemahlin Elisabeth gestiftet. Die Mönche übernahmen neben anderen Aufgaben auch den Gottesdienst in der Burgkapelle.

Während der Chor und Teile der um zwei Innenhöfe gruppierten Klostergebäude und auch der Kirchenschiffmauern noch aus der Gründungszeit stammen, fand Ende des 15. Jahrhunderts eine weitere, intensive Bauphase statt, von der unter anderem die Rundbogenfenster des Kirchenschiffs zeugen.

Zu Beginn des 16. Jahrhunderts unterstützten die Pappenheimer Augustiner-Eremiten die Anliegen ihres Bruders Martin Luther. Viele von ihnen verließen das Kloster. Bereits im Jahre 1545 verstarb der letzte Mönch.

Das Kloster und der gesamte klösterliche Besitz fielen nun wieder an die Herrschaft, die zunächst eine Lateinschule einrichteten.

Anfang des 18. Jahrhunderts erfolgte eine völlige Neugestaltung des eigentlichen Kirchenschiffes im barocken Stil, Veränderungen des Chorbogens, Einbau einer Stuckdecke im Schiff und einer reich stuckierten Herrschaftsloge sowie Einsetzen von 2 Emporen im Chor und auf der Rückseite des Kirchenschiffes.

Das spätgotische Chorgestühl, ursprünglich U-förmig angeordnet und durch einen Lettner vom Kirchenschiff getrennt, ist noch das Originale, dessen Meister Ulrich Auer es 1458 signiert hat. Der spätgotische Altar dürfte aber nicht der ursprüngliche Hauptaltar sein.

Bemerkenswert ist auch die große Anzahl von Epitaphien aus Stein wie auch die großen, auf Holz gemalten Epitaphien mit biblischen Darstellungen und die Totenschilde.

Ein ganz besonderer Teil der Ausstattung ist vor allem die Orgel. Sie ist um 1712 entstanden und wurde von dem Ansbacher Orgelbauer Krapp gebaut. Sie gehört mit ihrer vollständigen Erhaltung, auch der technischen Details bis hin zu den Blasebälgen im Balgraum unter der Orgel, zu den wenigen original erhaltenen Instrumenten im Lande.

In den 90er Jahren wurde die Klosterkirche, Ihre Ausstattung, die Orgel und andere Teile des Ensembles behutsam renoviert, wobei großer Wert darauf gelegt wurde die Substanz besonders schonend zu behandeln, vor allem was die Erhaltung der originalen Oberflächen aller Teile betrifft. Dies war die erste grundlegende Restaurierung seit 1784.

Nach Abschluss der Renovierungen wurde die Kirche neu eingeweiht (ev.-luth. und röm-kath.). Seitdem finden hier wieder, gelegentlich zu besonderen Anlässen, Gottesdienste und kirchenmusikalische Veranstaltungen statt.

Schon zu Klosterzeiten und bis in die heutige Zeit diente und dient die Klosterkirche als Grablege der gräflichen Familie (nach der Reformation sogar Familienmitgliedern beider Konfessionen). Ganz bewusst wird die Kirche deshalb nicht als Veranstaltungsort genutzt, sondern rein gemäß seiner bisherigen Tradition als Gotteshaus.

Die gräfliche Familie sieht ihre Aufgabe darin, dieses wunderschöne Gotteshaus im ursprünglichen Sinne und entsprechend seiner bisherigen Geschichte weiter zu erhalten.